차원이 다른 유전체 연구와 유전병 치료, AI와 GPU 그리고 Clara Genomics의 환상 조합의 결과

최근 엔비디아가 유전체 분석을 위한 GPU 가속 기반 라이브러리 모음인 Clara Genomics Analysis SDK를 오픈 소스로 공개했습니다. 관련 문서와 SDK가 깃허브에 올라와 있습니다. Clara, GTC 행사를 관심 있게 본 분은 아마 낯설지 않을 것입니다. Clara Genomics는 AI 기반 의료 연구와 의료 서비스를 가속하는 하드웨어와 소프트웨어를 포괄하고 기술 스택입니다.


기술 스택은 크게 GPU, DGX 서버, CUDA-X 그리고 Clara Genomics로 구성됩니다. 네, GPU 환경에서 가속의 이점을 누리는 가운데 진단, 처방, 연구 등에 필요한 개발과 분석을 간편하게 할 수 있는 환경이라 보면 됩니다.



오픈 소스로 Clara Genomics Analysis SDK가 공개됨에 따라 알츠하이머, 파킨슨병 등 다양한 유전병의 원인을 찾는 연구 활동이 새로운 전기를 맞이할 전망입니다. 관련 내용은 기사를 참조 바랍니다.

http://www03.zdnet.co.kr/view/?no=20190705184429

그렇다면 Clara Genomics Analysis를 활용하면 유전체 연구를 얼마나 빨리할 수 있을까요? Clara Genomics Analysis에는 cudapoa 모듈이 포함되어 있습니다. POA(Partial Order Alignment) 알고리즘을 GPU 환경에서 가속하는 것이 이 모듈의 역할입니다. cudapoa를 사용해 Racon 모듈을 적용한 결과 유전체 정렬 속도가 수십 배 이상 빨라집니다.


엔비디아에서 향후 파이썬 API를 적용할 것이라고 하니, 앞으로 Clara Genomics Analysis의 혜택을 누릴 분들이 더 많아질 것 같네요.

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