최근 엔비디아가 유전체 분석을 위한 GPU 가속 기반 라이브러리 모음인 Clara Genomics Analysis SDK를 오픈 소스로 공개했습니다. 관련 문서와 SDK가 깃허브에 올라와 있습니다. Clara, GTC 행사를 관심 있게 본 분은 아마 낯설지 않을 것입니다. Clara Genomics는 AI 기반 의료 연구와 의료 서비스를 가속하는 하드웨어와 소프트웨어를 포괄하고 기술 스택입니다.
기술 스택은 크게 GPU, DGX 서버, CUDA-X 그리고 Clara Genomics로 구성됩니다. 네, GPU 환경에서 가속의 이점을 누리는 가운데 진단, 처방, 연구 등에 필요한 개발과 분석을 간편하게 할 수 있는 환경이라 보면 됩니다.
오픈 소스로 Clara Genomics Analysis SDK가 공개됨에 따라 알츠하이머, 파킨슨병 등 다양한 유전병의 원인을 찾는 연구 활동이 새로운 전기를 맞이할 전망입니다. 관련 내용은 기사를 참조 바랍니다.
그렇다면 Clara Genomics Analysis를 활용하면 유전체 연구를 얼마나 빨리할 수 있을까요? Clara Genomics Analysis에는 cudapoa 모듈이 포함되어 있습니다. POA(Partial Order Alignment) 알고리즘을 GPU 환경에서 가속하는 것이 이 모듈의 역할입니다. cudapoa를 사용해 Racon 모듈을 적용한 결과 유전체 정렬 속도가 수십 배 이상 빨라집니다.
엔비디아에서 향후 파이썬 API를 적용할 것이라고 하니, 앞으로 Clara Genomics Analysis의 혜택을 누릴 분들이 더 많아질 것 같네요.